Canguilhem y développe le concept d'« idéologie scientifique », dont il a proposé une définition lors de sa conférence intitulée : Qu'est-ce qu'une idéologie scientifique ? donnée en octobre 1969 à Varsovie.
Canguilhem illustre cette définition avec l'évolutionnisme tel que le concevait Herbert Spencer :
- L'idéologie évolutionniste [de Spencer] fonctionne comme une auto-justification des intérêts d'un type de société, la société industrielle en conflit avec la société traditionnelle d'une part, avec la revendication sociale d'autre part. Idéologie anti-théologique d'une part, anti-socialiste d'autre part. Nous retrouvons ici le concept marxiste d'idéologie, comme étant la représentation de la réalité naturelle ou sociale dont la vérité ne réside pas dans ce qu'elle dit, mais dans ce qu'elle tait.
- Canguilhem, op. cit., 1977.
Selon Gérard Nissim Amzallag (La raison malmenée, De l'origine des idées reçues en biologie moderne, CNRS Éditions, Paris, 2002) et André Pichot (Éléments pour une théorie de la biologie, éd. Maloine, 1980), la biologie moderne, et notamment le darwinisme, la génétique et la biologie moléculaire, répondraient à cette définition. Le caractère idéologique de la biologie actuelle serait attesté par le fait qu'il n'existe pas à l'heure actuelle (même si ces dernières années de nombreux chercheurs commencent à percevoir l'importance du problème) de définition scientifique de la notion de vie qui fasse l'unanimité. Étrange « science », en effet, que celle qui n'a guère pris la peine de définir ce qui caractérise son objet, les êtres vivants, ni d'examiner en quoi ces corps diffèrent des objets inanimés de la physique-chimie et des machines.
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